Actualment permet la utilització del protocol d'encaminament BGP (IBGP), OSPF, RIP, MME.

MikroTik RouterOS suporta diversos protocols d'encaminament intern (IGP, per les sigles en anglès) que són fonamentals per a la gestió de rutes dins d'un sistema autònom. Aquests són alguns dels protocols IGP més comuns suportats per MikroTik:

1. Obriu primer el camí més curt (OSPF)

• Descripció: OSPF és un dels protocols d'encaminament més utilitzats en xarxes IP. És un protocol d'estat d'enllaç que utilitza una jerarquia d'àrees per optimitzar l'actualització de la taula d'encaminament i reduir el trànsit de xarxa causat per actualitzacions d'encaminament.
• Característiques: OSPF a MikroTik suporta tant OSPFv2 per a IPv4 com OSPFv3 per a IPv6. Ofereix capacitats com ara la configuració d'àrees múltiples, el suport d'autenticació i la capacitat d'establir tipus d'enllaços virtuals.

2. Protocol d'informació d'encaminament (RIP)

• Descripció: RIP és un protocol d'encaminament basat en l'algorisme de vector distància. És un dels protocols d'encaminament més antics i simples, adequat per a xarxes petites o poc complexes.
• Característiques: MikroTik suporta RIP v1 i v2. RIP és menys escalable que OSPF degut a la seva limitació en el recompte de salts i al seu enfocament més simple cap a la mètrica d'encaminament, que és simplement comptar salts.

En conclusió, MikroTik ofereix un conjunt robust d'opcions per a l'encaminament intern que es poden configurar per satisfer una àmplia gamma de necessitats de xarxa, des de simples fins altament complexes i escalables.